Licencję otrzymały wszystkie kluby zgłoszone do rozgrywek ekstraklasy i I ligi, oprócz zespołów toruńskich. Jak czytamy w komunikacie "Klub Marwit Toruń nie otrzymał licencji na udział w Ekstraklasie w sezonie 2013/2014 w związku z niespełnieniem kryteriów zawartych w Uchwale licencyjnej tj. nie dostarczenia zaświadczeń o nie zaleganiu w stosunku do ZUS i US.". Torunianie mogą się jeszcze odwoływać do wyższej instancji. W przypadku ostatecznej negatywnej decyzji, Marwit zostanie w ekstraklasie zastąpiony prawdopodobnie przez lepszego z dwóch spadkowiczów z zeszłego sezonu - AZS Uniwersytet Gdański. Prezes pomorskiego klubu Piotr Walczak wyraził chęć powrotu do uczestnictwa w rozgrywkach.

Pełna lista klubów, które otrzymały licencję na sezon 2013/14:

• TS Wisła Krakbet Kraków (ekstraklasa)
• Rekord Bielsko-Biała (ekstraklasa)
• ZKS Gatta Zduńska Wola (ekstraklasa)
• KS Euromaster Głogów (ekstraklasa)
• GAF Jasna Gliwice (ekstraklasa)
• Red Devils Futsal Club Chojnice (ekstraklasa)
• Tyski Sport (ekstraklasa)
• MKS Pogoń 04 Szczecin (ekstraklasa)
• AZS UŚ Katowice (ekstraklasa)
• Remedium Pyskowice (ekstraklasa)
• Stowarzyszenie Piłkarskie "Clearex-Sport" (ekstraklasa)
• AZS Uniwersytet Gdański (I liga)
• KS Gniezno (I liga)
• AZS Uniwersytet Warszawski (I liga)
• Dzielnicowe Towarzystwo Sportowe "Helios" Białystok (I liga)
• Red Dragons Pniewy (I liga)
• Stowarzyszenie Kultury Fizycznej "Vamos" Gdańsk (I liga)
• Stowarzyszenie Unisław Team (I liga)
• KS Constract Lubawa (I liga)
• "Gwiazda" Ruda Śląska (I liga)
• AZS UMCS Lublin (I liga)
• Marex Chorzów (I liga)
• KS Kamionka Mikołów (I liga)
• LKS "Strzelec" Gorzycki (I liga)
• Młodzieżowy Klub Futsalu "99" Grajów (I liga)
• UKS Ekom Futsal Nowiny (I liga)
• Bocheńskie Stowarzyszenie Futsalu (I liga)
• Rzeszowska Akademia Futsalu "Heiro" (I liga)
• Akademia Futsal Club Jastrzębie-Zdrój (I liga)
• NBIT Gliwice (I liga)
• UKS Jedynka Niemodlin (I liga)